世界の平和を守るために結成された最強の機密部隊G.I.ジョーと、世界征服を企む最凶のテロ組織コブラが再び激闘をくり広げるハイパー・アクション超大作の第２弾。前作に続いてチャニング・テータム、イ・ビョンホン、レイ・パークらが出演。さらにドウェーン・ジョンスン、ブルース・ウィリス、エードリアン・パリッキ、ジョナサン・プライスら豪華な顔ぶれが新たに加わった。監督はジョン・Ｍ・チュウ。パキスタンで軍事用核兵器が製造中との情報が。合衆国大統領（プライス）は機密部隊G.I.ジョーに出動を命じる。リーダーのデューク（テータム）を筆頭に、頼れる副官ロードブロック（ジョンスン）、クールビューティーのレディ・ジェイ（エードリアン）、若きソルジャーのフリント（Ｄ・Ｊ・コトローナ）らのチームメンバーはすぐさま現地に飛び、電光石火のスピードで核弾頭を奪取する。だが、指示を受け砂漠で待機していた彼らに、謎の軍団が襲いかかってくる。予期せぬ敵襲に部隊は全滅。部下を守ったデュークも命を落とした。かろうじて生き残ったのはロードブロック、レディ・ジェイ、フリントの三人だけ。その頃、アメリカでは大統領が信じられない声明を発表していた。『G.I.ジョーはアメリカを裏切った。よって彼らを処刑し、今後はコブラを支援する』実はこの大統領は、悪のテロ組織コブラのメンバーが変装した偽者。本物の大統領は地下室に監禁されていた。パキスタンで九死に一生を得たロードブロックらはアメリカに戻ってくるが、仲間をすべて失ったうえに大統領までも敵の手に落ちた今、もはやなす術はない。だが、ロードブロックには最後の秘策があった。彼らが向かったのは初代G.I.ジョー、その名もジョー（ウィリス）のもと。最強の戦士も味方に加わり完全復活したG.I.ジョー。世界の運命を賭けて、G.I.ジョーVSコブラの頂上決戦が始まった。