マット・デーモンが演じた究極のスパイ、ジェイソン・ボーンを主人公にした「ボーン」シリーズに並行する物語として新たに生み出されたアクション・サスペンス。主役のスパイ、アーロン・クロスを演じるのは「アベンジャーズ」のジェレミー・レナー。共演は「ナイロビの蜂」のレーチェル・ワイズ、「インクレディブル・ハルク」のエドワード・ノートン。「ボーン」シリーズから引き続いてスコット・グレン、アルバート・フィニー、ジョーン・アレン、デーヴィッド・ストラザーンらが出演。監督・脚本は「ボーン」シリーズの脚本を務めてきたトニー・ギルロイが担当。
ジェイソン・ボーンが生きていた――すべてはそこから始まった。彼の存在とその任務が明るみに出れば、ＣＩＡは世論にさらされ壊滅的打撃を受ける。ＣＩＡ長官のクレイマー（グレン）は、ＮＲＡＧ（国家調査研究所）にすべてを隠蔽するよう依頼。それを受けたＮＲＡＧのリック（ノートン）は、ＣＩＡに反旗を翻した内部調査局長パメラ（ジョーン）の動きを封じ込めようとする。同時に、ＣＩＡが行なっていたあらゆる計画を“消去”することを決定。それは文字通り、関係した者すべての抹消を意味していた。そして現在進行中の︿アウトカム計画﹀も“消去”の標的となった。
その頃、アラスカの山中で雪山訓練を行なう一人の男がいた。彼の名はアーロン・クロス（レナー）。肉体だけでなく人格の完全改造により究極の暗殺者として作り上げられた︿アウトカム計画﹀の“最高傑作”だ。常人を遥かに超えた運動能力やサバイバル能力はもちろん、あらゆる殺しのテクニックを身につけた彼だが、その能力を維持するには薬の服用が必要。山小屋に到着した彼はＣＩＡ本部に報告を入れるが、やってきたのは彼を抹消するための爆撃機だった。驚異的なスキルで自らを死んだと見せかけたアーロンは、彼の身体管理を行なっている政府研究所の医師マルタ（レーチェル）のもとへと向かった。
リックによる“消去”は徹底していた。アーロンを除くすべての︿アウトカム計画﹀工作員は殺害され、マルタのいる研究所でも一人の研究員が突然銃を乱射し、同僚たちを全滅させた後に自らも命を絶ったのだ。辛うじて一人だけ生き延びたマルタだったが、自宅に捜査員を名乗る者が訪れ彼女に襲いかかる。それを救ったのがアーロンだった。自分の研究が実は人格操作という恐るべき目的に使われていたことを知り苦悩するマルタ。アーロンは彼女にいつもの薬を要求するが、それらの薬はすでに服用中止になっているという。彼らの能力を引き出す変異遺伝子を半永久的に活性化するウィルスが完成したからだ。二人はウィルスを培養しているマニラへと飛ぶ。
逃亡したマルタの行方を追うリックは、死んだと思っていたアーロンが彼女と一緒にいることを知り、ついにトップシークレットである︿ラークス計画﹀を発動、冷酷無比な最凶の工作員に二人の抹殺を命じる。究極の暗殺者同士の対決、果たして生き残るのは⁉