色鮮やかな美しい海の世界と個性的で可愛らしい生き物たちが３Ｄとなって甦る。２００３年アカデミー賞長編アニメーション賞を受賞した、ディズニー／ピクサー史上、日本興収ナンバーワンヒット作品。海の世界を舞台に、カクレクマノミの親子の感動の大冒険を描く。監督は「ＷＡＬＬ・Ｅ／ウォーリー」のアンドルー・スタントン。
オーストラリアのグレート・バリアリーフで暮らすカクレクマノミのマーリンとニモの親子。今日は六歳のニモの初登校日だ。唯一の我が子で、右のヒレが小さい息子を心配する父親はつい過保護になってしまい、学校の引率先にまで付いてくる始末。子離れできないマーリンに怒ったニモは人間のボートのある場所まで泳ぎ、父親に反抗する。しかしピンチ到来。ニモが人間に捕らえられてしまった。ボートに乗った人間をマーリンは追跡するも時遅し。
ナンヨウハギのドリーがボートの行方を見たと言い、二匹のニモ探しが始まる。物忘れの激しいドリーに呆れながらも、息子の居場所がシドニーだと突き止めたマーリンたち。アオウミガメのクラッシュの助けもあり、シドニー行きの東海流に乗ることができた。
一方のニモはシドニーの港近くの歯科医院の水槽の中にいた。歯科医には“魚の敵”と呼ばれ、魚をすぐに飼い殺してしまう八歳の姪がおり、歯科医は姪にニモをプレゼントしようとしていた。そこでなんとか水槽からの脱出を試みるも失敗。悲嘆に暮れるニモだが、そこへマーリンが助けにやって来た。歯科医のせいで再び離れ離れになってしまったが、父の勇姿を見た息子は一念発起。水槽で共に暮らした仲間の助けを得て、海へ繋がる下水道から大脱走を試みる。