人類はどうして誕生したのか？この究極の謎を解く鍵が隠されていた古代洞窟壁画。そこに示されていた“招待状”を手に入れ、宇宙の彼方にある未知の惑星へ向かったプロメテウス号の乗組員たち。だが彼らは、人類が決して足を踏み入れてはならない領域へ降り立ってしまったことを、まだ知らなかった。
ＳＦ映画の概念を大きく変えた「エイリアン」から三三年の時を経て、リドリー・スコット監督が再び同ジャンルに挑んだ３Ｄエピック・ミステリー。出演は「シャーロック・ホームズ シャドウゲーム」のノオミ・ラパス、「ＳＨＡＭＥ／シェイム」のマイケル・ファスベンダー、「スノーホワイト」のシャーリーズ・セロン、「マイティ・ソー」のイドリス・エルバ、ガイ・ピアースほか。
2089年、スコットランドの洞窟で、ある星に手を伸ばす巨人の姿が描かれた35000年前の壁画が発見された。世界各地の古代遺跡でも同様のものが見つかっていたが、ここまで古いものは初めて。それはまさしく創造主からの宇宙への招待状、すなわち人類の起源を解き明かす鍵に他ならなかった。
2093年、地球から約330兆キロ離れた宇宙を航行する探査船プロメテウス号の中で、考古学者エリザベス（ノオミ）は長い人工冬眠から目覚める。船は今まさに、あの壁画に描かれていた惑星に到着しようとしていた。プロメテウス号の乗組員は、エリザベスはじめ彼女の恋人でもあるホロウェイ（ローガン・マーシャル・グリーン）、ファイフィールド（ショーン・ハリス）、ミルバーン（レーフ・スポール）ら学者グループと、ヤネック船長（エルバ）ら乗組員たち、そして今回の調査を計画した巨大企業ウェイランド社の女性監督官ヴィッカーズ（シャーリーズ）と精巧なアンドロイド、デヴィッド（ファスベンダー）といったメンバー。彼らの目的は、この惑星で生命体を見つけ出すこと。だがなぜかヴィッカーズは、くれぐれも生命体には手を出さぬよう乗員たちに強く警告する。