宇宙空間を舞台に凶暴な昆虫型エイリアン＝バグと人類の壮絶な戦いを描く「スターシップ･トゥルーパーズ」シリーズの最新作が、フルＣＧアニメーションで登場。監督は日本人クリエーターの荒牧伸志。第一作の主演キャスパー・ヴァン・ディーンが製作総指揮で参加。
バグの急襲を受けた地球連邦の宇宙基地。精鋭の兵士たちを乗せたアレジア号が救出に向かうが基地は壊滅状態。戦略担当大臣カールは戦艦ジョン・Ａ・ウォーデン号を奪って逃走。アルジア号は基地を守っていたＫ-12部隊のわずかな生存者を救い出し離陸した。生存者の一人ヒーローは、部下からの信任も厚い元Ｋ-12部隊の隊長だったが、カール大臣の命令に背いたことで囚人となっていた。
そんなアルジア号に、消息を絶ったウォーデン号を探せという命令が。兵士たちは不服だったがヒーローの復任を条件に作戦を決行。やがてウォーデン号が発見されるが、艦内は死体が散乱しバグに襲われた痕跡が。ただ一人カールが生き残っていたが、その瞬間バグの大群がヒーローたちに襲いかかってきた。しかも、何者かの操作でウォーデン号の主砲がアルジア号を撃破。無数のバグがひしめくウォーデン号に残された彼らの運命は？