２００８年のフルデジタル３Ｄ映画「センター・オブ・ジ・アース」の続編。前作は冒険ＳＦ小説の父ジュール・ヴェルヌの名作『地底旅行』をベースにしていたが、今回は同作家の『神秘の島』の世界が３Ｄ映像で展開する。前作の主人公の一人ショーン役をジョッシュ・ハッチャースンが引き続き演じ、「ワイルド・スピード ＭＥＧＡＭＡＸ」のドウェーン・ジョンスン、「ビーストリー」のヴァネッサ・ハジェンズ、マイケル･ケーンら新キャストが脇を固める。監督は「キャッツ＆ドッグス 地球最大の肉球大戦争」のブラッド・ペートン。
17歳になったショーン（ハッチャースン）は一家でオハイオ郊外に引っ越してきた。母親リズ（クリスティン・デーヴィス）は退役軍人のハンク（ジョンスン）と再婚したばかりだったが、ショーンはこの義理の父親とあまりなじめずにいた。そんなショーンのもとに、消息不明だった祖父（ケーン）からの救難信号が届く。祖父はヴェルヌの小説に出てくる謎の島が実在するかどうかを確かめる旅に出ていたのだ。
ショーンは信号の発信源を求め、ハンクを同行者として危険な海域へ向かう。