ＦＢＩの創設者であり、その長官職を約五〇年間にわたり独占することでＦＢＩを世界で最も巨大な捜査組織へと発展させた男、ジョン・エドガー・フーバー。国民のヒーローと称えられる一方で、常に黒い疑惑とスキャンダラスな噂がつきまとい、歴代の大統領たちが最も恐れたと言われる世紀の巨魁の半生をダイナミックに描き出す。
監督は「許されざる者」「ミリオンダラー・ベイビー」で二度のアカデミー賞に輝き、八一歳の今もなお秀作を世に送り出しているハリウッドの巨人クリント・イーストウッド。
1960年代。ＴＶで演説をするキング牧師を口汚く罵るＦＢＩ長官フーバー（ディカプリオ）。大衆を煽動し国家に歯向かう者はいつの時代もなくならない。フーバーは回顧録を作成することを思い立ち、速記者を前に語り始める。これまで自分がいかに国家の敵たちと戦い続けてきたのかを。
始まりは1919年だった。司法長官パーマーの自宅が左翼急進派の爆弾テロに襲われたのだ。一介の司法省職員だったフーバーが真っ先に現場に駆けつけてきたのを見たパーマーは、彼に急進派対策課を任せることにする。さっそく彼が実践したのが情報管理システムの確立だ。過激派たちのリストを作成し、その思想や背後関係を洗い出し、指紋照合システムに着手したフーバー。当時は情報＝力という発想などなく周囲は嘲笑ったが、彼は次々と過激派の摘発に成果を上げていく。秘書へレンに出会ったのもこの頃だ。彼女にプロポーズしあっさり断られたにも関わらず、フーバーは意に介さず彼女を個人秘書に任じる。その後、彼女はフーバーが死ぬまで秘書として彼を支えることとなる。
やがてパーマー司法長官が更迭されると、フーバーはＦＢＩの前身である司法省捜査局の長官代行に任命される。