アカデミー長編アニメーション賞に輝いたヒット・アニメの続編。踊るペンギンたちの世界を舞台に、ゆかいな仲間たちが大活躍。今回は３Ｄ版も公開される。監督は前作同様ジョージ・ミラー（兼製作、脚本）が担当。オリジナル版の声の出演には前作に続くイライジャー・ウッド、ロビン・ウィリアムズのほか、ブラッド・ピット、マット・デーモンらが新参加している。
南極はエンペラーランドに住むペンギンたち。ダンスの名手マンブルとグロリアのカップルに生まれた子供エリックは、そのダンスを友達にバカにされたことで踊りも歌もやめてしまう。逃げ出したエリックは空を飛べるペンギン、マイティ・スベンと出会い、理想的な彼を崇拝する。一方仲間のラモーンは小柄すぎでメスにもてないと悩んでいた。また彼らの足元の海中では、オキアミのビルとウィルが自分たちが食物連鎖の最下層にいることを知って衝撃を受け、小さな冒険を開始する……
　そんな平和な世界に一大事が起こる。エンペラーランドに連なる巨大な氷山が倒れてしまい、グロリアたち多くのペンギンがその場に閉じ込められる事態が発生。幸いその外側にいたマンブル、エリック、ラモーンたちが、仲間の救出作戦に動き出す。